Perbedaan CRM dan ERP ada pada objek yang dicatat, yaitu CRM mencatat hubungan dengan calon pembeli dan pelanggan, sedangkan ERP mencatat transaksi beserta dampaknya pada stok dan keuangan.

Modul seperti data pelanggan, penawaran, daftar harga, dan pesanan penjualan memang ada di kedua sistem, dan masalah muncul ketika dua salinan itu tidak pernah dicocokkan.

Urutan pemakaian mengikuti letak masalah, yaitu CRM lebih dulu bila prospek dan follow-up berantakan, ERP lebih dulu bila stok dan laporan keuangan tidak bisa dipercaya.